Hana, uma estudante universitária esforçada, apaixona-se por um homem misterioso que frequenta uma das suas aulas, embora não seja um aluno de verdade. Acontece que também não é verdadeiramente humano. Numa noite de lua cheia, transforma-se, revelando ser o último lobisomem vivo. Apesar disso, o amor de Hana continua forte, e as duas decidem constituir família. Hana dá à luz duas crianças saudáveis, Ame, nascida durante a chuva, e Yuki, nascida durante a neve, com a capacidade de se transformarem em lobos, uma característica do pai. A morte repentina do seu amante devasta a vida de Hana, deixando-a a criar uma família peculiar. O stress de criar os seus filhos selvagens numa cidade densamente povoada, mantendo a sua identidade em segredo, culmina na decisão de se mudar para o campo, onde ela espera que Ame e Yuki possam viver uma vida livre dos julgamentos da sociedade. Wolf Children é uma história comovente sobre os desafios de ser mãe solteira num mundo moderno implacável.