Hellboy stod opp av flammene fra Helvete under den andre verdenskrig og ble brakt til denne verden av den onde og gale Grigori Rasputin. Hellboys skjebne ble forutbestemt til å være en forkynner av apokalypsen og å begå ondskap, men slik gikk det ikke. Han ble reddet av allierte styrker ledet av Professor Broom, grunnleggeren av den hemmelige organisasjonen B.P.R.D - ”Byrå for overnaturlig forsking og vitenskap”. Under Brooms vinger videreutvikler Hellboy sine ekstraordinære og overnaturlige evner. Til tross for hans forutbestemte ondskap, blir han selve symbolet på det gode. En viktig kraft i kampen mot de onde kreftene, som stadig truer med å nedkjempe vår verden.