Helvetin tulissa syntynyt Hellboy tuotiin vauvana Maan päälle pahoihin tekoihin, mutta hyväntahtoinen tri Broom pelasti hänet synkiltä voimilta ja kasvatti hänestä sankarin. Tri Broomin salaisessa Paranormaalien ilmiöiden virastossa Hellboy kokoaa epätodennäköisen perheen, johon kuuluvat telepaattinen ”merenmies” Abe Sapien ja Hellboyn rakastama nainen Liz Sherman, joka osaa hallita tulta.