Tony risulta irreperibile così la squadra inizia le ricerche: riescono a trovare la sua auto e a visualizzarla tramite le telecamere del traffico. Appena visualizzata, però, l'auto esplode. Sono tutti molto scossi, ma sperano che non si trattasse di Tony, mentre Ziva, sicura, è inconsolabile. Poco dopo, grazie all'autopsia di Ducky del corpo rinvenuto all'interno dell'auto carbonizzata, la squadra avrà il sollievo di scoprire che Tony non era in quell'auto e che invece si trovava nella limousine di La Grenouille con lui e la figlia Jeanne. Si capisce quindi che Tony aveva frequentato Jeanne solo per avvicinarsi a La Grenouille, sotto gli ordini del Direttore, tutto all'oscuro di Gibbs che per questo motivo va su tutte le furie. La Grenouille va quindi a trovare il Direttore a casa sua per costituirsi, poiché teme che i suoi nemici stiano per ucciderlo, ma il Direttore all'inizio lo rifiuta, condannandolo così alla morte. Quando Gibbs e la squadra vanno a prelevarlo dal suo yacht non lo trovano. Mentre la telecamera inquadra la squadra che va via, sullo specchio d'acqua si vede il corpo di La Grenouille con un foro di proiettile alla testa.