Il jet di Garrett viene attaccato da droni armati dello S.H.I.E.L.D. ma Coulson giunge in suo soccorso abbattendoli e permettendogli di risalire a bordo del suo aereo, di cui la sua squadra ha ripreso il controllo dopo aver chiuso May nella stessa cella blindata di Ward credendola una traditrice, nonostante essa dichiari di avere usato la linea sicura solo al fine di informare il direttore Fury, col quale ha formato la squadra da dietro le quinte per supervisionare il benessere fisico e mentale di Coulson. Skye, intanto, decifra un segnale cifrato nei network dello S.H.I.E.L.D. che, una volta decifrato, rivela l'infiltrazione dell'HYDRA al suo interno. Il gruppo decide ad ogni modo di recarsi all'Hub per liberare Simmons e catturare Victoria Hand, che ritengono essere il vero Chiaroveggente. All'interno della struttura nel frattempo viene diffuso il messaggio dell'infiltrazione dell'HYDRA dal Triskelion cosa che porta Triplett e Simmons a tentare la fuga, salvo essere catturati dagli uomini della Hand che, dopo averli sottoposti a un test, rivela di non essere un membro dell'HYDRA e di aver iniziato un'operazione per eliminarne gli agenti dall'Hub. Nel frattempo Coulson, May, Garrett e Fitz fanno irruzione in una sala computer dell'Hub e, durante un dialogo con Coulson, Garrett si tradisce rivelando di essere il vero Chiaroveggente nonché un agente dell'HYDRA. Nella battaglia che ne consegue l'uomo viene catturato, gli agenti dell'HYDRA uccisi e l'Hub recuperato. Nel frattempo Captain America riesce a distruggere gli helicarrier del progetto Insight ma Nick Fury è dato per morto e i segreti dello S.H.I.E.L.D. vengono diffusi su Internet lasciando l'organizzazione fortemente compromessa.