La squadra di Coulson, riuscita a fuggire dalla base Cubana dell'HYDRA grazie a May (che afferrando il bastone del Berserker pareggia la forza dei supersoldati nemici e fa crollare l'edificio), si reca allo stabilimento della Cybertek in cui Quinn ha iniziato la presentazione delle sue truppe di Deathlok ai militari; tale presentazione è però interrotta da Garrett che, in preda ad una follia delirante conseguente l'iniezione del G.H.325, uccide un rappresentante dell'esercito dichiarando di voler iniziare un nuovo mondo. Lo stato in cui versa l'uomo porta a lasciare in fretta e furia la Cybertek sia Raina che Quinn (quest'ultimo portando con sé il "Gravitonium"). Nel frattempo, sul fondo dell'oceano (a circa 30 metri dalla superficie), Fitz e Simmons escogitano una maniera per tornare in superficie provocando un'onda d'urto nella camera blindata in cui sono rinchiusi i due; Fitz allora, ritenendo che uno solo di loro possa farcela, costringe la compagna a prendere l'unica bombola di ossigeno e le confessa di essere sempre stato innamorato di lei. Il piano ha successo e i due scienziati riemergono sebbene Fitz sia in fin di vita e Simmons venga salvata dalla corrente grazie al sopraggiunto Nick Fury, messosi sulle tracce di Coulson per assisterlo nella battaglia finale. Nel frattempo May ingaggia Ward in un violento combattimento corpo a corpo e Skye, convincendo il direttore dello stabilimento Cybertek di avere addosso una bomba, lo costringe a rivelare il luogo in cui gli uomini di Garrett tengono i familiari dei loro supersoldati (e dello stesso staff Cybertek) per ricattarli; la ragazza libera così, fra gli altri, Ace, il figlio di Mike. Coulson affronta faccia a faccia Garrett, venendo però sopraffatto dai suoi nuovi poteri finché non sopraggiunge Fury, il quale gli dà manforte il tempo sufficiente da permettere a Skye di comunicare a Deathlok di aver salvato suo figlio: libero dai suoi ricatti, il cyborg ferisce mortalmente Garrett, che, per salvarsi, si innesta protesi meccaniche su tutto il corpo sfruttando la macchina per la creazione dei Deathlok, ma, terminato il processo, viene carbonizzato da Coulson con lo 0-8-4 peruviano. Conclusasi la battaglia, gli uomini del Centipede e Ward, rimasto ferito alla gola dopo lo scontro con May, vengono arrestati dai militari; quindi Fury rivela a Coulson di averlo riportato in vita perché è uno dei pochi uomini di cui si fida; proprio in virtù di quella fiducia, inoltre, prima di sparire nuovamente, gli assegna il compito di ricostruire lo S.H.I.E.L.D. da zero nominandolo nuovo direttore. Riunitisi a Simmons dunque, Coulson, Triplett, May e Skye raggiungono un nuovo rifugio segreto: il Parco Giochi, gestito dal gemello di Koenig.