Skye viene trasferita a Zurigo in una struttura medica dello S.H.I.E.L.D. ma tutto ciò che possono fare i dottori è stabilizzare le sue condizioni e rallentare l'inevitabile morte con un coma indotto. Deciso a salvarla, Coulson si mette sulle tracce del laboratorio dove, mesi prima, lui stesso è stato riportato in vita, andando contro gli ordini dei suoi superiori. Poco dopo, gli agenti Garrett e Triplett abbordano l'aereo della squadra per prelevare Ian Quinn, prigioniero di Coulson, il quale riesce a convincere Garrett, suo vecchio amico, ad aiutarlo a salvare Skye poiché se sopravvivesse ella potrebbe testimoniare contro Quinn. Fitz-Simmons, intanto, leggendo il fascicolo sulla resurrezione di Coulson scoprono che un farmaco sconosciuto, il cui acronimo è "G.H.", è la chiave della procedura. Non riuscendo a trovare nessuno dei dottori che ha svolto la miracolosa operazione, il gruppo risale tramite lunghe indagini al luogo in cui è stata effettuata, un laboratorio segreto chiamato "Guest House" (G.H.) che a quanto pare non appartiene allo S.H.I.E.L.D. ed è inattivo ma sorvegliato da due agenti i quali, non appena Coulson, Ward, Fitz e Garrett vi irrompono per recuperare il prodigioso farmaco, li attaccano perdendo la vita nel tentativo. Una volta giunti all'interno del luogo, Fitz trova il siero e lo porta a Simmons mentre Garrett e Ward tentano invano di interrompere la procedura di autodistruzione attivata dalla loro intrusione; nel frattempo Coulson scopre una stanza marcata "progetto T.A.H.I.T.I." e vi guarda all'interno scoprendo qualcosa che lo lascia talmente scioccato da far sì che, non appena Garrett lo raggiunge per portarlo fuori prima che il posto esploda, egli implori di non somministrare il farmaco a Skye. Le suppliche dell'uomo arrivano però troppo tardi, in quanto Skye ha già subito l'iniezione senza apparenti effetti collaterali. Mentre le funzioni vitali della ragazza si ripristinano Garrett e Triplett prendono in consegna Quinn, mentre Coulson, interrogato da May riguardo a cosa abbia visto nel laboratorio, rievoca alla mente, senza risponderle, la terrificante immagine: il farmaco è una sostanza biologica prelevata dai tessuti di un enorme umanoide dalla pelle azzurra tenuto in animazione sospesa, più morto che vivo.