La fine del mondo è vicina ma Ethan Hunt non è lontano e riparte da dove aveva lasciato. Recuperata una preziosa chiave crociata, deve raggiungere adesso il Sevastopol, un sottomarino nucleare russo, distrutto dall'Intelligenza Artificiale, che giace sotto la calotta polare. La chiave gli permetterà di recuperare il 'codice sorgente' dell'IA e di disinnescarla. Ormai autonoma e 'cosciente', l'Entità accede a qualsiasi sistema operativo, manipola fatti, dati e persone ed è determinata a sterminare la razza umana. Mentre Hunt cerca una soluzione, l'IA prende progressivamente il controllo delle armi di distruzione di massa. Il tempo stringe, non resta che correre. Ancora e ancora.