Kubo vive una vita normale e tranquilla in un piccolo villaggio costiero fino a quando uno spirito del passato sconvolge la sua esistenza riaccendendo una secolare faida. Ciò fa sì che ogni sorta di spiriti e di mostri dia la caccia a Kubo, che per sopravvivere deve individuare una magica armatura indossata una volta dal defunto padre, leggendario guerriero samurai.