Kubo ist als Sohn eines legendären Samurai Kriegers und einer Göttin mit magischen Kräften gesegnet. Doch er muss noch lernen, diese auch zu beherrschen. Bei dem Versuch, das Rätsel um seinen gefallenen Vater zu entwirren, beschwört er versehentlich den mächtigen Moon King, der voller Zorn auf die Erde hinabstürmt, um Rache zu üben. Plötzlich ist das gesamte Dorf in Gefahr und Kubo steht vor einer großen Herausforderung: Er muss Herr seiner Zauberkräfte werden und in die Rolle des Helden hineinwachsen, für die er geboren wurde.