Сюжет «Пінгвінів Мадагаскару» будується навколо самопроголошених командос Ковальського, Шкіпера, Ріко та Рядового, що виконують щоденні надтаємні операції на території нью-йоркського зоопарку, іноді пробираючись до метро та в підземні комунікації. І коли загін починає думати, що ціле місто знаходиться під їхнім контролем, у них з'являється новий схиблений сусід — лемур король Джуліан.