นกพันธุ์หายากต่าง ๆ หายสาบสูญไปอย่างลึกลับ โนบิตะและเพื่อนๆจึงสรุปเอาว่า น่าจะเกิดจากฝีมือของมนุษย์นกในตำนานมาลักพานกเหล่านั้นไป เรื่องแดงขึ้นเมื่อกูซึเกะ มนุษย์นกจากแดนเบิร์ดโทเปีย พลัดหลงมายังโลกมนุษย์ และได้รับความช่วยเหลือจากโดราเอมอนและโนบิตะ ทำให้กูซึเกะรู้สึกซาบซึ้ง และเปลี่ยนทัศนคติเดิมที่ถูกสอนมาให้เกลียดมนุษย์ แต่แล้วเหตุการณ์กลับผลิกผันเมื่อทั้งหมดถูกดูดเข้าไปในดินแดนเบิร์ดโทเปียโดยบังเอิญ นำมาซึ่งการผจญภัยสุดตื่นเต้น ที่เดิมพันด้วยการอยู่รอดของแดนเบิร์ดโทเปียและโลกมนุษย์