Denna film avslöjar vad för händelser som ledde upp till upplösningen på tv-serien Prison Break. Michael Scofield och Sara Tancredi gifter sig men lyckan blir kortvarig då polisen dyker upp på bröllopsfesten. De anhåller Sara för mordet på Michaels mamma och i fängelset väntar en gammal fiende. Det gamla gruppen återförenas för att frita Michaels utsatta hustru.