Marcat de tragedie la o vârstă fragedă, Cal Lynch este un condamnat la pedeapsa capitală, care primește o neașteptată șansă de a trăi datorită activităților misterioase ale Abstergo Industries. Printr-o tehnologie revoluționară care deblochează amintirile genetice din ADN-ul său, Cal este trimis înapoi în timp, în Spania secolului al XV-lea. Acolo, el trăiește experiențele rudei sale îndepărtate, Aguilar de Nerha, un membru al unei societăți secrete denumită Asasinii, care luptă pentru protejarea liberului arbitru de Cavalerii Templieri avizi de putere. Transformat de trecut, Cal începe să dobândească capacitățile fizice și cunoștințele necesare pentru a demola organizația opresivă a Cavalerilor Templieri în prezent.