Durante a perturbação da Era Bakumatsu, havia um guerreiro imperialista temido como o "Hitokiri Battosai." No entanto, com a chegada da nova era, o Battosai desapareceu do olho público, deixando apenas a sua lenda do mais forte guerreiro revolucionário. Anos depois, no centro de Tóquio, no 11º ano de Meiji. Himura Kenshin, um espadachim errante que prometeu nunca mais matar, carrega ao quadril um sakabato (espada de lâmina invertida) e conhece Kamiya Kaoru, a instrutora principal do estilo de espada Kamiya Kasshin-ryu. Kenshin resolve o caso de um assassino de encruzilhadas que estava a manchar o nome do Kasshin-ryu, enquanto afirmava ser o "Hitokiri Battosai," o que leva Kaoru a oferecer ao vagabundo para ficar no seu dojo. Acompanhe a jornada de Kenshin enquanto ele faz amizades valiosas com Myoujin Yahiko, um descendente de uma família samurai em Tóquio, e Sagara Sanosuke, um lutador à disposição, e enfrenta vários inimigos que têm assuntos inacabados do passado de Kenshin.