Uma longa-metragem de animação que acompanha Scooby-Doo e a turma da Mistério S.A. enquanto investigam mais um mistério. Na noite de Halloween, Scooby, Shaggy, Daphne, Velma e Fred juntam-se a Elvira, a Rainha das Trevas, e Bill Nye, o Cientista, para enfrentar um inimigo conhecido cujas abóboras voadoras estão a aterrorizar crianças desavisadas que pedem doces.