Agora, já todos sabem que Marnie Piper é uma bruxa, pelo que não é surpresa para ninguém quando lhe é atribuída uma bolsa integral para a prestigiosa Witch University em Halloweentown. Empolgada por ir aprender sobre alquimia e amuletos, poções e portentos, Marnie atravessa o portal para se tornar a aluna mais famosa da universidade. Mas nem tudo é o que parece. Há uma nova regra na escola: não é permitida magia! Marnie toma igualmente conhecimento de uma antiga profecia... e parece que ela detém a chave para revelar o segredo supremo. Com a ajuda dos velhos amigos Ethan e Benny the Skeleton, e dos novos amigos Professor Periwinkle e Aneesa, o Génio, conseguirá Marnie fazer as escolhas certas a tempo da comemoração dos mil anos de Halloweentown?