Scully: "Agent Mulder. I'm Dana Scully. I've been assigned to work with you." Mulder: "Oh, really? I was under the impression that you were sent here to spy on me". Slik begynner samarbeidet mellom mellom FBI-agentene Fox Mulder og Dana Scully, et samarbeid som etter hvert skal teste hvor grensene deres går for tillit, tro og håp. Fast bestemt på å avlsøre de mystiske, uløste sakene FBI plasserer i X-arkivet, søker Mulder etter alternative løsninger. Scully tror på sin side at svarene kan finnes ved hjelp av vitenskaplige forklaringer. Sammen oppdager de ting som rokker ved virkelighetsoppfatningen deres.