Strijdes genaamd "Saint" zijn de kampioenen van de hoop die altijd zijn verschenen sinds het tijdperk van de Mythe wanneer het kwaad de wereld bedreigt. In de huidige tijd, vele jaren na de lang bevochten "Holy War" vinden we Saori Kido, een meisje verontrust door haar mysterieuze krachten. Ze wordt gered door een jongen, Seiya "Bronze Saint" van een plotselinge aanval door een moordenaar. Door het ongeval realiseert Saori zich haar lot en missie en besluit om naar de "Sanctuary" te gaan met Seiya en zijn volgelingen van Bronze Saints. In Sanctuary confronteren ze "Pope" en voeren een wanhopige strijd tegen de grootste heiligen, de "Gold Saints".