In een Japan dat wordt achtervolgd door kaijū, werkt Hibino Kafka aan het elimineren van monsters. Wanneer hij herenigd wordt met zijn jeugdvriend Ashiro Mina, een rijzende ster van het Japanse Defensie korps, besluit hij zijn ooit verlaten droom om bij het Korps te gaan opnieuw na te jagen... Maar plotseling verandert hij in de machtige "Kaijū No. 8". Met de steun van zijn jongere collega Ichikawa Reno probeert Kafka zijn identiteit geheim te houden terwijl hij blijft werken aan zijn levenslange doel: het selectieproces van het verdedigingskorps doorstaan en samen met Mina vechten. Maar wanneer een mysterieuze, intelligente Kaiju een basis van het Defense Corps aanvalt, staat Kafka voor een cruciale keuze in een wanhopige situatie...