“老グマホーム”で暮らすルーシーおばさんを訪ねるため、ブラウン一家とペルーへ家族旅行に出かけたパディントン。ところがなんと、おばさんが眼鏡と腕輪を残して失踪してしまった。パディントンたちは、ルーシーおばさんが残した地図を手掛かりに、インカの黄金郷があるというジャングルの奥地へ冒険の旅に出る。果たして、パディントンは無事におばさんと再会できるのか？　だがそこには、家族の絆が試されるパディントンの秘密が待っていた……。