1942年北大西洋。1隻のドイツ潜水艦Uボート571号がイギリスの駆逐艦に攻撃され漂流、救難信号を発信する。 それを傍受したアメリカ海軍は潜水艦S-33をUボートに偽装、救援を装ってU571号を乗っ取り、ドイツ軍の最新暗号機（エニグマ）を奪取する作戦に出る。 しかし作戦実行中、救難信号を受けロリアンのUボート・ブンカーからU571号の救援に駆けつけた本物のUボートによってS-33が撃沈され乗組員のほとんどを失ってしまう。 敵潜水艦に取り残された副長ら数人は、扱いなれないUボート571号を駆使して、帰還しようとドイツ軍に立ち向かう。