巨大迷宮から脱出するために3年もの歳月を費やしたトーマスと仲間たちだったが、謎は深まるばかり。捕らわれた仲間ミンホを救い出すため、そして自分たちが閉じ込められた理由を突き止めるために、彼らは決死の覚悟で伝説の迷宮に逆侵入することを決意する。そんな彼らの前に、謎の組織「WCKD」が立ちはだかる。