世界がウエスタンブロックとイースタンブロックに分断された近未来。ミレーヌ・ホフマン＝通称００９１（ゼロゼロナインワン）は、ウエスタンブロックの特務組織“ゼロゼロ機関”によって作り出されたスパイ・エージェント。幼い頃の記憶を失った彼女は、サイボーグ化された自らの肉体を最大限に活用し、冷酷非情にミッションを遂行していく。ある時、そんな彼女に“Ｄｒ．クラインを奪還せよ”という新たな指令が下されるのだったが…。