世界を震撼させたキラ事件が佳境を迎えていた頃、タイのとある村で新種のウイルスによるバイオテロが発生し、某国は事件の証拠隠滅のため爆撃によって村を焼き払った。そのウイルスはインフルエンザ並の流行性とエボラウイルス並の致死率を掛け合わせた恐るべきものだった。 自分の命とワタリの死という代償を負ってキラ事件に終止符を打ったLは残りの時間をかけて世界中の難事件をたった一人で解決していた。だがタイの事件の生き残った少年「BOY」と、ワタリに託されるはずだったウイルスを携えた少女・真希の来訪に端を発し、Lは「人類削減計画」を掲げる環境保護団体『ブルーシップ』が関わる事件の解決に動き出す。