地球防衛にあたる“SG-1”は、リーダーのミッチェルや考古学者のジャクソンら５名で構成される精鋭揃いの特殊部隊。彼らはこれまで異星間移動装置“スターゲイト”を駆使し、数々の宇宙侵略者から地球を守ってきた。はるか遠く、別の銀河から地球征服を狙う一派“オーライ”の脅威が迫る中、SG-1は彼らを打ち破る力を持つという伝説のアーク（聖柩）を探す旅へ出ることに。やがてそのアークが、オーライの銀河にあることがわかったSG-1は、宇宙船オデッセイで目的地へと向かう。そして、ある惑星でアークを見つけることに成功したSG-1だったが、その場をオーライの兵士に発見され、ジャクソンらチームの半数が彼らに捕まってしまうのだった…。