リトル家の一員として迎えられた子ねずみスチュアート。だが、一家には新たな娘マーサが生まれ、パパやママも赤ちゃんにかかりきり。スチュアートが寂しい思いを感じるある日、彼は通学の途中、空から落ちてきた小鳥のマーガロを助ける。彼女はNYの空に君臨するタカのファルコンに襲われたという。傷ついたマーガロを家に連れ帰り、つきっきりで看病するスチュアート。やがて彼はマーガロに種族を越えた恋心を抱き始める。