La scoperta di alcuni denti estratti e di dita smembrate in una borsetta appartenenti a un Marine costringono l'NCIS a intervenire. Mentre la squadra cerca di rintracciare il killer, un investigatore di una società di sicurezza elettronica viene incaricato di rintracciare la fonte di una serie di attacchi informatici provenienti dai computer dell'NCIS. Questo rende nervoso McGee, poiché è regolarmente entrato illegalmente nei computer del governo agli ordini Gibbs per risolvere i vari casi. La squadra riesce a rintracciare Maxine, la fidanzata del Marine morto, grande amante dei videogiochi ed esperto di computer. Comincia a prendere in simpatia McGee, anche se lui cerca di mantenere le distanze per via di un oroscopo sfavorevole. Lei racconta di aver casualmente scoperto una sorta di codice cifrato in un MMORPG: si rivela essere un programma in grado di hackerare i firewall del Pentagono, azzerando tutti i dati dei server governativi. La squadra rintraccia il programmatore responsabile, ma viene trovato morto, nelle stesse circostanze del marine. Gibbs e McGee capiscono che l'investigatore arrivato in precedenza è dietro alle uccisioni, dal momento che le notizie di una tale minaccia alla sicurezza americana avrebbe rovinato la sua carriera. Il programma si attiva, ma un attimo prima che penetri completamente le difese informatiche del Pentagono Gibbs lo ferma a modo suo. Più tardi, Dinozzo manipola gli eventi, in modo che McGee cominci ad uscire con Maxine.