La barca che Gibbs da tempo costruiva nella sua cantina viene ritrovata in un porto militare, con due uomini uccisi a bordo, ex-marines arruolati in una compagnia militare privata. Gibbs aveva lasciato la sua barca a Mike Franks in Messico, che adesso quindi diventa ricercato per duplice omicidio. Franks spiega a Gibbs che ha ucciso i due mercenari per proteggere la sua famiglia: la vedova di suo figlio Leyla e la nipote Amira. Nel corso delle indagini, Abby ha l'opportunità di esaminare la scena del crimine, la fantomatica barca a vela di Gibbs, che farà a pezzi nel suo laboratorio. Cercherà anche di scoprire come ha fatto a farla uscire dalla cantina, ma il mistero rimarrà irrisolto. Riguardo al caso Franks, si scoprirà che i due mercenari erano stati ingaggiati dalla madre di Leyla, Shada, una capo-tribù irachena che vuole riportare la figlia in Iraq. In realtà a uccidere i militari non era stato Franks, ma la stessa Leyla, che spaventata aveva aperto il fuoco con un fucile e successivamente Franks aveva cercato di coprirla sparando con la sua pistola di grosso calibro sui corpi, per prendersi la responsabilità. Nel finale Shada si reca a Washington per parlare con la figlia di persona, ma prima si mette in mezzo Franks. I due dopo un aspro colloquio sembrano appacificarsi e convenire che, per il suo bene, è meglio che Leyla rimanga negli Stati Uniti. Inoltre, il leader della compagnia militare privata viene arrestato per aver operato in Messico, dove l'attività di mercenario è vietata.