Ziva e Tony, per scoprire chi aveva ingaggiato due sicari morti in un incidente d'auto, ne assumono l'identita. E mentre indagano sono sempre più attratti l'uno dall'altra. Ducky esamina i corpi per scoprire dettagli che permettano ai due agenti di perfezionare la propria interpretazione mentre McGee finge di essere un cameriere dell'albero per supportare le indagini dall'interno. Si scopre presto che anche l'FBI sorveglia Tony e Ziva tramite due agenti (credendo erroneamente che siano proprio i due assassini), cosa che provoca un possibile contrasto tra l'NCIS e l'FBI, che viene sistemato da Gibbs e Fornell, che in realtà amici che fingono antipatia reciproca in pubblico. Alla fine viene alla luce che i due assassini erano il vero bersaglio poiché avevano deciso di ritirarsi dalle attività criminali, essendo la donna incinta, e di voler condurre una vita onesta dopo un ultimo colpo per mettere da parte abbastanza denaro per ricominciare da capo e la loro assicurazione, un file microscopico contenente tutti i dati sui loro clienti, è il vero obiettivo dei clienti dei tre killer assoldati per ucciderli. I due vengono legati e Tony picchiato, due dei tre killer vengono fermati da Gibbs e McGee mentre l'ultimo, in procinto di uccidere Tony, viene fermato dallo stesso DiNozzo, che riesce ugualmente a difendersi.