La moglie e la figlia non vedente di 9 anni del capitano Mike Watson vengono prese in ostaggio. Il sequestratore stabilisce un contatto con l'uomo tramite il computer che si trova nel suo ufficio. Grazie a uno stratagemma, Watson riesce ad informare l'NCIS che subito si mette sulle tracce del sequestratore. Quest'ultimo pretende 2 milioni di dollari che Watson preleva dai conti delle operazioni speciali della Marina. Gibbs riesce ad ottenere la liberazione della bambina, la quale, grazie al suo udito più sviluppato, prova ad aiutare gli investigatori. Dopo aver individuato il luogo dal quale il rapitore sta trasmettendo, Gibbs e Todd provvedono alla liberazione della moglie di Watson, arrestando il rapitore, un ex militare rancoroso che era stato radiato per merito di Watson. Seguendo il percorso del riscatto, Abby e McGee scoprono però che il mandante del rapimento era lo stesso capitano, che aveva ingaggiato anonimamente il rapitore contro la sua famiglia, con il fine ultimo di intascare i soldi.