Il team indaga sul corpo depezzato di un Navy Seal rinvenuto in Paraguay. Quando si scopre che i militari scomparsi sono due, gli accertamenti del Dottor Mallard e di Abby permettono di capire che il corpo è di uno dei due, ma una mano è del secondo. Lo stesso viene ritrovato, ancora vivo, mediante l’uso di un satellite. Gibbs, McGee e Torres partono alla volta del Paraguay per recuperare il soldato. Qui scoprono che questi, con il compagno, aveva in programma di attaccare un campo base di un gruppo di violenti ribelli, per liberare tre ragazzini del posto, rapiti per essere trasformati in bambini soldato, Tra questi il figlio di un contadino che, in occasione di una loro precedente missione in quella zona, aveva salvato la vita alla squadra Seal. Gibbs decide di portare a compimento la missione privata del Navy Seal, prima di salire sull’elicottero che li esfiltrerà. La squadra attacca il campo dei ribelli e recupera i tre ragazzi, ma la cosa si dimostra più complicata del previsto: la squadra si apre la strada verso la zona di atterraggio inseguita dai ribelli e per permettere all'elicottero di decollare Gibbs e McGee, che sta per diventare padre, restano a terra a coprire il decollo, a corto di munizioni, circondati dai ribelli armati, mentre l’elicottero con a bordo Torres si allontana...