Un terrorista sconosciuto entra nella sala autopsia dell'NCIS in un sacco per cadaveri e, senza farsi notare, prende in ostaggio Ducky e l'assistente Gerald. Il terrorista obbliga Ducky a far credere che la sala autopsie sia isolata per rischio infezione e chiede di farsi consegnare le prove sequestrate dalla squadra dopo la morte di un altro terrorista, ucciso da Gibbs. Kate su richiesta del dottore porta i reperti in sala autopsia e viene anch'essa rapita, inoltre l'infiltrato spara a Gerald nella spalla per obbligare i suoi ostaggi a collaborare. Gibbs intuisce la presenza di problemi e, individuato l'intruso, richiede l'intervento della squadra HRT. Il misterioso terrorista invita Gibbs in sala autopsie e provoca uno scontro a fuoco nel quale ferisce l'agente e viene colpito due volte al petto. Riesce però a salvarsi grazie ad un giubbotto antiproiettile e fugge nella confusione seguente l'irruzione della squadra speciale, grazie anche alla complicità di alcuni membri dell'HRT.