Stiles e Scott provano a Derek che Jennifer è in realtà il Darach ma non possono eliminarla perchè la vita di Cora e dello Sceriffo sono nelle sue mani. L'ospedale è in evacuazione per via di un uragano e una volta arrivati sul posto, scoprono che qualcuno ha portato via Cora. Peter informa Derek che sono stati i gemelli e che Deucalion e Kali sono nell'ospedale. Duke rapisce la mamma di Scott e chiede in cambio la vita di Jennifer. I gemelli continuano a seguirli e Derek deve mettere in salvo sua sorella. Stiles e Cora finiscono in un'ambulanza nel parcheggio, Derek e Jennifer bloccati in un ascensore, dove lei gli racconta la sua storia, Scott e Peter distraggono i gemelli, Allison, e Chris attaccano Kali per permettere a Peter ed Isaac di portare Cora in salvo. Duke libera la madre di Scott come gesto di fiducia, ma Jennifer la rapisce e scappa dopo aver aggredito Derek. Si scopre che i Guardiani sono in realtà i Genitori e che i prossimi a essere sacrificati saranno la madre di Scott, il padre di Stiles e il padre di Allison. Deucalion offre il suo aiuto a Scott in cambio della sua lealtà.