Tornati nella propria epoca, la squadra incontra Noah, il successore di Enoch, che ha monitorato il mondo dal Faro in loro assenza. Coulson, May, Fitz, Simmons, Mack e Yo-Yo indagano su un fascio di luce emesso dalla Terra, che corrisponde alla descrizione di Voss sui primi segnali della fine. Riluttante ad unirsi alla squadra, Daisy rimane al Faro e scopre che Deke è sopravvissuto all'esplosione ed è stato arrestato. È quindi costretta a lasciare il bunker per salvarlo ed evitare che riveli della squadra alla polizia, dato che ora sono super ricercati. Una volta trovato il fascio di luce, la squadra si riunisce con l'agente Piper, che però si scopre lavorare per il Generale Hale e finiscono in un'imboscata. Durante il combattimento Mack viene salvato da Yo-Yo ma lei perde entrambe le braccia, come la sé del futuro. Piper rientra nella squadra e ritornano al Faro con il raggio, che esplode nel momento in cui Noah si sacrifica per salvare Daisy e Fitz.