Coulson spiega a Gonzales che "Protocollo Theta" era il nome dato all'Helicarrier usato da Fury nella battaglia di Sokovia, e i due S.H.I.E.L.D. decidono di unirsi, lasciando a Coulson il ruolo di direttore sotto la guida del consiglio formato da Gonzales e dagli altri leader. Mack, non condividendo la decisione, si dimette dall'agenzia. Nel frattempo Raina ha una visione di un'antica arma Kree capace di distruggere gli Inumani che Gordon localizza sulla portaerei Iliad teletrasportandovisi assieme a Raina. I due vengono scoperti da Hunter e lo S.H.I.E.L.D. sfrutta la tecnologia dell'HYDRA per tracciare la loro posizione, scoprendo così l'ubicazione di Aldilà. Skye riesce a convincere Coulson a lasciarla tornare ad Aldilà insieme a Lincoln per organizzare un incontro tra Jiaying e lo S.H.I.E.L.D.; intanto Raina ha una visione e spiega che se Jiaying parlerà con lo S.H.I.E.L.D. scoppierà una guerra, non venendo però creduta da nessuno. Nel frattempo Kara rapisce Bobbi e la conduce da Ward. Gonzales guida la delegazione dello S.H.I.E.LD. ad Aldilà per incontrare Jiaying e poter registrare gli Inumani nell'Indice. Come apparente gesto di buona fede Jiaying consegna Cal allo S.H.I.E.L.D. ma, in seguito, durante il colloquio, uccide Gonzales e si spara alla spalla con la sua pistola dichiarando che questi abbia tentato di ucciderla e dando così inizio a una guerra.