Coulson e Hunter si dirigono al rifugio dove il primo aveva lasciato Skye scoprendo della sua sparizione a opera di Gordon grazie ai video delle telecamere di sorveglianza. Nel frattempo Gonzales cerca di convincere Fitz-Simmons ad aiutarlo ad aprire la banca dati di Fury; dei due tuttavia solamente la biochimica sembra accettare, mentre Fitz, disgustato, decide di lasciare lo S.H.I.E.L.D.. Skye intanto, si risveglia a Láishì, una località paradisiaca segreta usata come rifugio da persone come lei e da essi chiamata Aldilà; qui incontra Lincoln, un ragazzo dotato di poteri elettrici che le spiega come la maggior parte di loro sia preparata fin dalla nascita a sottoporsi alla Terrigenesi venendo poi affiancati da una guida che li aiuti a controllare i poteri che ne derivano. Dopo aver scoperto che anche Raina si trova in quel luogo, Skye l'aggredisce colpevolizzandola di tutto ciò che le è accaduto dopo averla seguita nel tempio Kree ma, prima che possa ucciderla, viene fermata dall'inaspettatamente ancora viva Jiaying, che le si presenta come sua guida, senza però rivelarle di essere anche sua madre. Contemporaneamente Coulson attira il "vero S.H.I.E.L.D." al rifugio per rubare uno dei loro quinjet grazie all'aiuto di Deathlok, suo agente operativo segreto incaricato di monitorare i movimenti di uno scienziato dell'HYDRA, il dottor List, apparentemente interessato a Gordon e ai suoi simili; per rintracciare lo scienziato tuttavia, c'è una sola persona cui Coulson possa rivolgersi: Grant Ward.