Az NCIS a Haditengerészeti Bűnüldöző Hivatal Főügyekért Felelős Csapatának különleges ügynökeit követi nyomon, a szervezet főhadiszállása a Washington-i Navy Yard, Washington D.C.-ben. A csapatot gyakran bízzák meg kiemelten jelentős ügyekkel, úgymint az elnök nukleáris fegyverekért felelős emberének halála, bombaszituáció az USA hadiflottájának hajóján, egy valóságshow-szereplő halála az USA Tengerészeti Testületének bázisán, terrorista fenyegetések és emberrablások. Ugyanakkor bármilyen bűneset megoldására kijelölik őket, ami kötődik a hadiflottához vagy a tengerészeti testülethez.