Les requins reprennent du service dans le récif et pour le plus grand malheur des poissons. Pi doit alors affronter Troy, son pire ennemi. Pour ce faire, il entraîne ses amis à l'art du "kung-fu sous-marin". Mais lorsque Ronny décide de leur mettre des bâtons dans les roues, Pi doit redoubler d'effort pour sauver les habitants du récif.