Kaupunki tarvitsee sankareita. Pimeys laskeutuu New York Cityn ylle kun Shredder kätyreineen pitää ohjaksissaan koko kaupunkia poliisivoimista aina poliitikoihin asti. Tulevaisuus näyttää synkältä, kunnes viemäreistä kantautuu vastaus asukkaiden rukouksiin. Hylkiöiksi tuomitut veljekset, neljä satunnaista sankaria, saavat selville kohtalonsa teini-ikäisinä mutanttininjakilpikonnina. Pelastaakseen kaupungin ja paljastaakseen Shredderin ilkeät aikeet heidän on yhdistettävä voimansa pelottoman toimittaja April O’Neilin ja hänen sanavalmiin kameramiehensä Vern Fenwickin kanssa.