Arkeologit ovat löytäneet eri sivilisaatioiden tekemiä kaiverruksia ja luolamaalauksia, joissa palvotaan samaa tähtikuviota ja jättiläismäisiä hahmoja. Kaivauksia Skotlannissa johtavat Elizabeth Shaw ja hänen miehensä Charlie vakuuttuvat, että kyseessä on ulkoavaruuden olentojen jättämä viesti ihmiskunnalle. Pariskunta epäilee, että olennot olisivat ihmisen kehityksen takana - luolamaalaus puhuu evoluution ja avaruusolentojen muinaisen yhteyden puolesta. Tähtikuvio paikallistetaan ja sen luokse lähetetään teollisuusbiljonääri Peter Weylandin rahoittama tutkimusalus Prometheus. Arkeologiparin ohella miehistön ytimeen kuuluvat yhtiön etua raivokkaasti valvova Meredith Vickers sekä Weylandin itsensä suunnittelema superälykäs, ihmistä täysin muistuttava David-androidi, jonka inhimillisyys ei kuitenkaan kata kaikkia tunnetiloja. Prometheus vie tutkimusryhmän universumin pimeimpään ja syrjäisimpään kolkkaan, jossa heitä odottaa taistelu koko ihmiskunnan tulevaisuuden puolesta.