CIA:n sisällä toimii operaatio Threadstone, jonka tarkoituksena on tuottaa superagentteja valtion tarpeisiin. Ohjelmaan valitut yksilöt syövät päivittäin sinisiä ja vihreitä pillereitä, jotka lisäävät niin heidän psyykkisiä kuin fyysisiä kykyjään. Tieto operaatiosta on vuotanut talon ulkopuolelle ja ohjelma päätetään lopettaa. Jotta kukaan ei saisi tietää asiasta, tapetaan kaikki koulutuksessa mukana olleet. Geenimuunneltuja superagentteja ja heidän muokkaamiseensa osallistuneita tiedemiehiä aletaan murhata ympäri maailmaa. Yksi Outcomin agenteista, Aaron Cross, ei kuitenkaan pidä itsensä eliminoimisen ajatuksesta ja pakenee yhdessä häntä muokanneen lääkärin Stephanie Snyderin kanssa. Pakomatkalle he saavat peräänsä CIA:n tahtipuikoissa pyörivän Byerin, jonka pääasiallinen tehtävä on päästää Mr. Cross hengiltä.