Kaksi vuotta sitten Agentti H ja Agentti T voittivat maailmoja uhkaavan tuhon käyttäen vain älyään ja sarjan 7 deatomisoijia. Noin parikymmentä vuotta aiemmin Molly näki pienenä tyttönä ensimmäisen avaruusolion ja todisti kuinka mustiin pukuihin pukeutuneet miehet pyyhkivät muistot siitä hänen vanhempiensa mielestä. Aikuisena hän on edelleen kiinnostunut maapallon ulkopuolisesta elämästä ja etsii pakkomielteenomaisesti niiden parissa työskentelevää salaista organisaatiota. Eipä siis aikaakaan, kun hän on puoliväkisin värväyttänyt itsensä Men in Black -järjestöön. Molly saa koeajalle agenttinimen M ja joutuu ylimielisen agentti H:n aisapariksi. Kaksikko saa tehtäväkseen viihdyttää tärkeää vierasta ulkoavaruudesta, mutta keikka menee tietysti poskelleen, ja he huomaavat olevansa niin oman organisaationsa kuin alienpahisten takaa-ajamia. Vaakalaudalla on jälleen koko maailmankaikkeus.