Sólo un día después de regresar del pasado, Batman y sus aliados descubren que el mundo no es exactamente el mismo que dejaron. Toda la isla de Japón ya no existe y los héroes de la Liga de la Justicia tampoco. Pero antes de que puedan comprender lo que está pasando, los yakuza empiezan a llover literalmente del cielo. Secuela de la película anime 3D "Batman Ninja".