Jojo Rabbit handelt von einem kleinen Jungen, der während des Zweiten Weltkriegs lebt. Er kann der rauen Wirklichkeit nur durch seinen imaginären Freund entkommen, eine ethnisch ungenaue Version von Adolf Hitler, der die naiven patriotischen Überzeugungen des kleinen Jungen vorantreibt. Das ändert sich jedoch alles, als ein junges Mädchen diese Ansichten hinterfragt und Jojo dazu bringt, sich seinen eigenen Problemen zu stellen.