Главни герои в „Хранилище 13” са агентите от Службата за сигурност на САЩ - Пийт Латимър и Майка Беринг. След като спасяват живота на президента на САЩ при една негова визита в Музея за древни изкуства, двамата са назначени на работа в Хранилище 13 от загадъчната г-жа Фредерик. Там те се запознават с дебелия управител на хранилището, д-р Арти Нилсън, който не е особено убеден, че двамата новаци са готови да узнаят мистериозните, паранормални и необясними тайни на хранилището. Оказва се, че предишните двама агенти, работили с него, са загинали при загадъчни обстоятелства.