Besætningen på USS Enterprise er tilbage for at deltage i en ny mission. Selvom mandskabet er kendt for at udforske universets afkroge, er deres nuværende opgave alligevel anderledes. Ingen af dem har nemlig været så fjernt som nu.Rejsen bringer dem ikke kun til fremmede verdener, men byder på opdagelsen af en ny fjende, Krall, der er drevet af et personligt hævntogt mod Enterprise og selveste Føderationen.