G.I. Joe er navnet på en elitestyrke, der udstyret med det nyeste og mest topmoderne indenfor overvågning og militærudstyr. Det har de også hårdt brug for, hvis de skal få ram på den korrupte våbenhandler Destro og ikke mindst den mystiske Cobra-organisation, som viser sig at være en større trussel, end nogen troede muligt.