I en apokalyptisk fremtid tvinges de evigt stridende imperier til at enes mod en ny fjende: mutanterne, udødelige væsner der ødelægger alt på deres vej. Det eneste håb for menneskeligheden er en gruppe krigere som begiver sig ned i underjorden for at møde ondskab ansigt mod ansigt. Mutant Chronicles er en mørk og voldsom action thriller, der er baseret på en af verdens største spilsucceser.